刑部尚书崇禄回奏：“已经正法。”而该部侍郎宋熔则回奏说：“此人尚未抓获。”嘉庆点了点头。
嘉庆回头对庄亲王说：“外面传说宫中太监全部叛变，今日已经审明，除了这几个逆贼之外，其他人并没有叛变。”嘉庆此言，显然是在安定人心。
于是嘉庆下令将林清等人处斩。后来有人传说林清有神奇法术，临刑时还悖逆不服。
嘉庆论功嘉奖提升。追究责任时，步兵统领吉伦、副都统玉麟被嘉庆革职。当天没有进紫禁城的大臣，大学士刘权之、刑部尚书祖之望、礼部尚书王懿修等人都被勒令退休。副都统杨述曾因在协和门捕贼有功，免死充军边疆。护军统领明志，因当天入宫值班的是其管辖之下的官兵，也被革职发配东陵任赞礼郎。
到了十月间，步兵统领英和查获曹福昌勾通逆党的证据，将其父曹伦逮捕。嘉庆在丰泽园亲自讯问，随即下令将曹氏父子正法。禄康、裕瑞，以失察之罪被革职，发配盛京居住。次年，豫王裕丰隐瞒举报事发，被革去王爵。但祝现和刘第五一直在外。此次紫禁城林党起事，就此告一段落。
林清事件，本不是宫廷政变的范围，但其中有太监十二人参加，有的充当接应的内线，等于“后院失火”。太监本是皇家的忠实奴仆，经常接近皇帝皇子，而其出身则很卑微，受到士大夫的蔑视，又容易与外间的下层接触，后来义和拳势力进入宫内，也是通过太监。清代到仁宗时，对阉人的控制和约束还是很严格的，而林清之变，居然有太监多人参加，这就等于向宫廷放了许多定时炸弹。