1912年，清政府终于倒台了，中华民国也成立了，革命党们也都翻了身当了家。这时候陈其采再也不用东躲西藏了，因为他又当上了大官，这一次的职位是总统府的参谋本部次长。这是个无比风光的职位，是总统府参谋部的第二号人物。至于参谋部的一号人物则是黄兴。这个黄兴可不是一般人，在那年月，黄兴是与孙中山齐名的大人物。
孙中山的临时大总统只做了三个月，陈其采的总统府参谋部次长也只做了三个月，与孙中山被袁世凯篡夺总统之位不同，陈其采主动辞职。原因他不愿理会袁世凯这种人，更不愿意给袁世凯卖命。
辞官后的陈其采回到了吴兴老家，创办了一所讲经武学堂。这所讲经武学堂的命运很悲楚，因为还没等招来学生就已经关闭了。因为袁世凯不让。袁世凯很了解陈其采的本事，他不敢让陈其采把对付清政府的那一套用在自己身上。不过这袁世凯倒也还算是客气，因为他并没有直接派人杀掉陈其采。